İstifa etmek zorunda kaldılar
Yasakçı uygulamalardan yönetim kadrolarındaki öğretim görevlileri de paylarına düşeni aldılar. YÖK'ün başörtüsü yasağına "uygulama alanı" olarak seçtiği İÜ'de rektör Alemdaroğlu'nun, yasağın uygulanabilmesi için yetkilerini gasbettiği bir dekanla 3 bölüm başkanı görevlerinden istifa etmek zorunda kaldılar. Ayrıca, öğretim üyelerinden ve yöneticilerden, yasağın üniversite genelinde eksiksiz uygulanmasını isteyen Alemdaroğlu'nu eleştiren Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Biyofizik Bölümü Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Şefik Dursun’un görevine derhal son verildi.
İhraç tehdidi
Yasaklar karşısında artan tepkilere, dönem sonu olmasına rağmen YÖK'ün cevabı, okuldan ihraç tehdidi oldu. Okuldan ihraç gerekçesi yapılması da hiçbir "resmi" tepkiye yol açmadı.
Başörtülü fotoğraf yasağı
Aralık 98'de toplanan YÖK Yürütme Kurulu, 1998 Üniversite Giriş Sınavı başvurularında, başörtülü fotoğrafı kabul etmeme kararını genişleterek, ÖSYM'nin yükseköğretim kurumlarına öğrenci alımıyla ilgili olarak yaptığı bütün sınavların başvurularında "başörtüsüz fotoğraf" koşulunu aramaya başladı. Toplantıda ayrıca, Lisansüstü Eğitim Sınavı (LES), Tıpta Uzmanlık Sınavı (TUS), Yabancı Öğrenciler Sınavı’nda (YÖS) da başı açık fotoğraf koşulu getirildi. Bursa'da yapılan Rektörler Komitesi ve Üniversitelerarası Kurul toplantısında da, başörtüsü takan öğrencilerin bir an önce cezalandırılmaları istendi.
1999 yılına sarktı
YÖK'ün 1998 yılı raporu açıklandığında, "öğrenim özgürlüğünü biçme operasyonu" resmi rakamlarla bir kez daha gözler önüne serildi. Rapora göre 1998 yılında kılık-kıyafet genelgesine (başörtüsü yasağı olarak okunmalı) uymadığı gerekçesiyle 101'i bir veya iki yarıyıl olmak üzere toplam 637 öğrenci okuldan uzaklaştırıldı. 1579 öğrenciye uyarı, 1017 öğrenciye de kınama cezası verildi. Halen 1006 öğrenci hakkında soruşturma devam ederken (bunlara 1999 yılı içerisinde çeşitli cezalar verildi), üniversitelerde disiplin yönetmeliğine aykırı davrandığı gerekçesiyle de 25 öğretim görevlisi ve idari personel, üniversite öğretim üyeliği mesleğinden veya kamu görevinden çıkarıldı. 91 üniversite görevlisine aylıktan kesme, 140'ına kınama, 216'sına uyarma, 9'una da kademe ilerleme cezası verildi. Disiplin yönetmeliğine aykırı davrandığı gerekçesiyle 57 üniversite personeli hakkında açılan soruşturma da 1999 yılına sarktı.
