Üstad, faytonla kıra çıktığı zaman dört beş gün müddetince beş tayyare Üstad'ı takib ediyor. Üstad, evine girdiği zaman onlar da Emirdağı'ndan çekiliyorlar. Üstad'ın sırf imanî, uhrevî hizmet-i Kur'aniyesine yanlış manalar verdirerek aleyhte propaganda yapılıyor ve yukarı makamlara yanlış aksettiriliyor.
Risale-i Nur'un teksir makinesiyle intişarı ve Anadolu'da Nurların gittikçe inkişafı karşısında bu imanî hizmeti durdurmak maksadıyla harekete geçen gizli dinsiz komiteler, hükûmete evham verdirerek, aleyhte tahrikat yapıyorlar. Emirdağ, Isparta, Kastamonu, Konya, İnebolu, Safranbolu, Aydın gibi daha birçok vilayet, kasaba ve köylerdeki Nurcuların evlerinin aranmasına emir veriliyor. Nihayet 1947 senesinin son ayında Üstad Said Nursî ve onbeş kadar Nur talebesi Emirdağ'dan alınarak Afyon'a getirilir ve sorgularını müteakib tevkif ediliyorlar. Ve diğer vilayetlerdeki Nur talebeleri de tevkif edilerek, Afyon'a celbediliyor. Böylece Üçüncü Medrese-i Yusufiye hayatı başlıyor.
