Bunun üzerine, varlıklarını halkın alâkasına ve yardımına borçlu olan medreseler ve mektepler Molla Said’in şahsını hedef olarak seçtiler. Medreseliler, dinî ilimlerde onu ilzam etmenin mümkün olmadığını biliyorlardı. Onun için meydan mekteplilere kaldı.
Mektepliler, gerek hususî sohbetlerde gerekse münâzarâ ve münâkaşalarda, Molla Said’in bilgi sahasının dışında olduğunu düşündükleri matematik, mantık, fizik, kimya, astronomi, jeoloji dallarında problemler, zihin hesapları, formüller ve fennî bilgiler sormaya başladılar.
Matematik, fizik ve mantık sorularını zihnen hesaplayıp hemen cevap veren Molla Said, diğer dallarda sorulan sorulara da, o derslerin kitaplarını alıp çalışarak kısa zamanda cevap verdi.
